Chẳng được bao lâu, các quan lại bắt đạo ngặt quá, cha Năm phải ẩn trốn trong nhà ông trùm Đích ở làng Kẻ Vĩnh. Lúc ấy có kẻ tên Tỉ quê ở Đông Mặc và tên Xuân quê Tiểu Tức Mặc, huyện Mỹ Lộc, tỉnh Nam Định, tố giác cha Năm với quan tuần phủ Nam Định tên là Trịnh Quang Khanh.

Sáng ngày 11/05/1838, quan tuần phủ đi thuyền đến bến Kẻ Vĩnh, lên ngồi ở đình làng, đòi mọi người từ mười tám tuổi trở lên phải đến tại đình trình diện. Quan bắt lý trưởng làm tờ cam kết, hễ bắt được đạo trưởng, cùng đồ đạo quốc cấm trong làng thì mình chịu tội. [3]

Khi quân lính bao vây làng Kẻ Vĩnh, cha Năm thắt lưng, xăn quần định trà trộn vào đám dân chúng đi làm cơm cho quan ăn. Nhưng chưa kịp ra khỏi nhà thì quân lính đến. Lính đến gần nhà ông trùm Đích gặp linh mục Năm, thấy người trắng trẻo, lại râu ria đẹp đẽ thì hỏi người rằng: “Ông là ai, có phải là Cụ chăng?” Cha Năm thưa rằng: “Tôi là người nhà này”. Bấy giờ kẻ Tỉ và Xuân liền kêu lên rằng: “Đó chính là linh mục đang trú ở nhà ông trùm Đích đấy”. Cha Năm nói: “Phải, tôi là linh mục đây”. Lính xông tới bắt và trói cha cùng ông trùm Đích đem nộp cho quan đang ngồi tại đình làng.

Khi đến trước mặt quan, cha cũng xưng mình là linh mục. Quan bảo rằng: “Triều đình nghiêm cấm đạo Giatô, sao chẳng về nhà làm ăn còn giảng đạo làm gì?” Quan lại hỏi cha rằng: “Linh mục có bước qua thập giá chăng?” Cha thưa rằng: “Bẩm quan lớn, chúng tôi không bước qua thập giá”. Quan hỏi cho qua chuyện rồi truyền đóng gông cha Năm cùng ông trùm Đích và lý trưởng Mỹ, con rể ông trùm Đích, và xuống thuyền ra Nam Định. Khi cha Năm vừa đến Nam Định thì bị giam ngay. Hôm sau, các quan đòi cha ra và bắt bước qua thập giá, nhưng cha cương quyết không chịu.

Ngày 12/08/1838, cha Năm, ông trùm Đích[lower-alpha 1] và ông lý Mỹ[lower-alpha 2] bị chém đầu ở pháp trường Bảy Mẫu. Ngày sau, khi đã bình yên, Nhà chung dựng nhà mồ có treo câu đối: